元气骑士的隐藏关卡入口位于特定普通关卡之内，需要满足严谨的触发条件方可进入，它们作为常规关卡的延伸，提供了独特的挑战与奖励。目前版本中，主要的隐藏关卡包括对应冰雪关卡的溶洞、对应森林关卡的沼泽以及对应遗迹关卡的墓穴，每一处入口的激活机制都截然不同。探索这些隐藏区域是游戏进程中的一项深度内容，理解其进入方式是成功挑战的第一步。
溶洞关卡的入口位于冰雪关卡的BOSS房间内，当玩家击败该层的BOSS后，有一定几率会发现一条被障碍物堵住的道路，同时天上会掉落一个牢笼，里面关着一位矿工。与这位矿工进行对话后，他会主动为你清理路障，随后跟随他即可到达一个矿洞的入口，从这里便能进入隐藏的溶洞关卡。游戏后期版本中登场的矿工角色，其技能可以直接越过障碍抵达矿洞入口。
沼泽关卡的入口与森林关卡中的奉献池紧密相关，玩家需要在森林关卡的普通房间内找到一个名为奉献池的交互点。通过向池中投入武器进行献祭，根据武器品质的不同会累积相应的献祭值，当累计值达到5点后便会满足条件。当玩家进入本层的BOSS房间时，无论原本为何种BOSS，都会被强制替换为变异的哥布林祭师，将其击败后，场景中除了常规的传送门外，还会额外出现一个紫色的传送门，通过此门即可进入沼泽隐藏关卡。
墓穴关卡的入口则设置在遗迹关卡之内，其首要条件是玩家进入的1-5层BOSS房间必须额外连接着一条新的路径。在成功击败本层的埃及风格BOSS后，沿着这条路径前进，会抵达一个设有古老石碑和石门的房间。与石门互动后，下方会出现一个棋盘式的解密谜题，玩家需要通过方向键操控符文，将符号相同的石块两两连接起来，并且必须让连线路径填满棋盘上的所有格子，在规定时间内完成解密后，上方的石门便会开启，出现通往墓穴的传送门。解密过程中如果出现错误，可以按原路退回进行修正。
